Mary on 12-vuotias tyttö, joka viettää tylsistyneenä kesälomaansa sukulaistensa luona. Eräänä päivänä hän seuraa kissaa metsään, josta löytyy kaunis sininen kukka ja luudanvarsi. Kukka ja luuta heittävät Maryn ja kissan kohti pilviä, kauas Endor Collegeen, taikojen kouluun!
Mary ja noidankukka perustuu Mary Stewartin klassikkoromaaniin Pikku noitaluuta ja sen on ohjannut Studio Ghiblillä aiemmin työskennellyt Hiromasa Yonebayashi (Kätkijät, Marnie – tyttö ikkunassa)